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小儿肥胖的原因也和成年肥胖一样，分为单纯性肥胖和继发性肥胖两种。继发性肥胖指的是有明确病因的肥胖，只占所有肥胖的1%。
包括以下几类：
⑴神经内分泌性肥胖，包括下丘脑或脑垂体肿瘤、皮质醇增多症、甲状腺功能低减、下丘脑疾病、假性甲状旁腺功能低减、生长激素缺乏症、胰岛素分泌肿瘤等等。
⑵某些遗传代谢综合征，如前面所说的肌张力智力低下-性功能减退-肥胖综合征、色素视网膜炎-性功能减退-多指畸形综合征、肥胖-视网膜退化-神经性耳聋综合征、肥胖-生殖无能综合征、先天性睾丸发育不全、先天性卵巢发育不全等疾病就容易发生在儿童。除了肥胖以外，这些综合征的患儿还会伴有其他异常，譬如发育迟缓、性功能不全、畸形、智力低下等等。
⑶医源性肥胖，指的是因为治疗其他疾病而附带引起的肥胖。比如某些小肾病的孩子，长期服用强地松等皮质类固醇激素，或是某些颅脑手术影响到了下丘脑，都可以引起肥胖。小儿肥胖的99%以上都属于单纯性肥胖，也就是没有明确病因的肥胖。
科学家对单纯性肥胖的发生原因进行了大量的研究，比较明确的有：
⑴遗传因素。父母有一方肥胖的，子女肥胖的可能性有32～34%；父母双方均为肥胖的，子女肥胖的发生率上升为50～60%。另一方面，72%的胖孩子，父母中有至少一人也有肥胖。而且目前已经找到了多种与肥胖有关的遗传基因。
⑵进食过多、营养过剩。目前的孩子往往进食大量的高脂肪饮食、甜食，尤其是无限制地吃零食、喝甜饮料，这些都会引起肥胖。
⑶运动过少。目前孩子的学习负担越来越重，加上父母望子成龙心切，给孩子增加许多课外学习，比如音乐、美术、外语等等，挤掉了孩子大量的活动时间。另外，即使是课外活动，也是体力活动越来越少，静止活动越来越多，什么电视录象啦，游戏机啦，都会让孩子减少活动、增长脂肪。胖孩子就不爱运动，不爱运动的孩子就变得更胖，结果造成恶性循环。
⑷社会心理因素，尤其是家长对小儿肥胖的错误认识，最容易造就出一个肥胖的孩子。另外，有研究表明，孩子如果功课压力过重，或是学习成绩不理想，精神长期紧张，就会有意无意地拚命多吃零食，借以缓解精神紧张的状态，长此以往，就会出现肥胖。所以，对孩子的肥胖，应该从多方面寻找原因，有针对性地进行治疗。
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